על פי תזכיר החוק הממשלתי שהפיץ הערב משרד הפנים, מוצע לעגן בחקיקה את קיומו של מערך הגיור הממלכתי, שהוקם מכוח החלטות הממשלה, ואת פעילותו על פי העקרונות שנקבעו בהחלטת הממשלה שאימצה את דוח ועדת נאמן.

בחוק מוצע לקבוע כי גיור שנערך בישראל יהיה מוכר רק אם נערך על ידי מערך הגיור הממלכתי, ולא תינתן כל נפקות חוקית לגיור שנערך בישראל שלא על ידי מערך הגיור הממלכתי. המשמעות היא שבתי דין פרטיים, גם חרדים כמו בית הדין של הגר"נ קרליץ, לא יוכלו לגייר.

בדברי ההסבר להצעת החוק נכתב כי "עמדה זו מתבססת על מושכלות יסוד של סדר ציבורי תקין, המחייבים כי במדינה ריבונית, הליך שתוצאתו היא מתן אזרחות ייעשה באמצעות הגורם הממלכתי שהוסמך לכך על ידי המדינה – קרי מערך הגיור הממלכתי. במקום שבו הדין מעניק לגיור נפקות כה משמעותית ומרחיקת לכת, כפי שכך הם פני הדברים במדינת ישראל, בה הגיור מקנה על-פי חוק זכאות אוטומטית לאזרחות ישראלית (בכפוף לסייגים מצומצמים), על כל המשמעויות הנובעות מכך, על המדינה לקבוע, מסגרת ממלכתית להליך הגיור, שעל-פיו, תוכר זכאותו של פלוני, כמי ש"נתגייר" וזכאי לזכויות לפי חוק השבות.

נוכח ההשלכות הציבוריות המשמעותיות הנודעות לגיור בישראל במישור המעמד האזרחי; משיקולי סדר ציבורי ראוי; הצורך בפיקוח ממלכתי הדוק בתחום בעל חשיבות ציבורית ממעלה ראשונה; והרצון למנוע פיצול סטטוס וקרע בעם, החוק  המוצע קובע כי גיור בישראל שיש בו כדי להצמיח זכויות בין היתר לפי חוק השבות, הוא גיור שנעשה בחסות ממלכתית בלבד, להבדיל מגיור במסגרת פרטית כלשהי, אשר אינה מוסדרת ומפוקחת.

בפסק דינה של כבוד הנשיאה מ' נאור, בהסכמת רוב חברי ההרכב, בעניין רג'צובה, נקבע כי חוק השבות חל על מי שבעת שהותו בישראל כדין התגייר בקהילה יהודית מוכרת המשתייכת לזרם האורתודוכסי, ונדחתה עמדת המדינה, שלפיה יש להכיר לעניין זה רק בגיורים שנערכו במסגרת מערך הגיור הממלכתי, שהוקם מכוח סמכותה השיורית של הממשלה. בפסק הדין נאמר בהקשר זה, בין היתר, כי הממשלה אינה מוסמכת, מכוח סמכותה השיורית, לקבוע כי רק גיור שנערך במערך הגיור הממלכתי יוכר לצורך חוק השבות, וקביעה שכזו, עליה להיעשות בחקיקה ראשית.

לפני בית המשפט העליון תלויות עתירות נוספות, שעניינן גיורים פרטיים שנערכו בישראל בבתי דין פרטיים של הזרמים הרפורמיים והקונסרבטיביים. בתשובת המדינה לעתירות אלו נמסר כי מכיוון שפסק הדין בעניין רג'צובה שינה למעשה את המצב המשפטי ששרר בתחום זה, ושעל פיו נהגה המדינה עד כה,  בדעתה של הממשלה לפעול לקידום חקיקה להסדרת הנושא, כפי שנעשה כעת.

יובהר כי הצעת החוק מיועדת לשמר את המצב המשפטי שנהג בפועל עד לפסק הדין בעניין רג'צובה, בכל הנוגע לגיורים הנערכים בישראל. הצעת החוק אינה חלה על גיורים הנערכים בחו"ל, והמצב המשפטי הנוהג בעניינם יוותר ללא שינוי.