לאחר הפינוי הכוחני בחומש, במהלכם בוזו בצורה קשה ארון הקודש והספרים בבית הכנסת שהושלכו והתגוללו על הרצפה, הרב הראשי לישראל שלח מכתב מחאה לשר הביטחון וכתב, "אסור בשון אופן שמראות כאלו יחזרו". מהישיבה נמסר: "אנחנו נמשיך בכל תנאי ללמוד וללמד בחומש"