שר הביטחון בני גנץ והרמטכ"ל רא"ל אביב כוכבי אישרו את התוכנית שהציגו סגן הרמטכ"ל, אלוף אייל זמיר ומפקד פיקוד העורף, אלוף אורי גורדין, להעביר את תחומי הטיפול של מפקדת אלון למערכת הבריאות באופן הדרגתי, תוך שימור כלל היכולות והידע שצברה היחידה. זאת בתיאום מלא עם שר הבריאות, מנכ"ל משרד הבריאות והצוותים המקצועיים.

עוד סוכם, בהתאם לעבודת מטה שקיים צה"ל, כי תוקם יחידת מילואים על בסיס מפקדת אלון, שתתן מענה בחירום למדינת ישראל במקרים של פנדמיה. יחידה זו, תוכל להיות מופעלת בתוך ימים, במקרה של התפרצות מחודשת של הקורונה.

בנוסף, הופסקה בשבועות האחרונים פעילות תוכנית "אנשי חיל", שהוביל עוזר שר הביטחון להתגוננות. פרויקט זה הופעל על ידי משרד הביטחון וצה"ל באמצעות פיקוד העורף בלמעלה מ-300 רשויות מקומיות, והוא שימש לליווי חולים ומבודדים, ולסיוע בהסברה ובאספקת סלי מזון.

בסוף חודש יוני תיערך הערכת מצב נוספת, שבה תאושר ההחלטה סופית, בהתאם למצב התחלואה וההתקדמות בהעברת הסמכויות. מערכת הביטחון, צה"ל ופיקוד העורף, ימשיכו במדיניות סיוע מרחיבה, והיענות לסוגיות שיידרשו על ידי מערכת הבריאות.

פיקוד העורף סייע בשנה האחרונה במאבק בנגיף הקורונה ופעל במרחב האזרחי על מנת למגר את התפשטות המגפה. כחלק מהסיוע הוקמה מפקדת 'אלון' שפעלה לשיפור אפקטיביות מערך החקירות האפידמיולוגיות, העלתה את כמות דגימות ובדיקות הקורונה, הקימה מלונות בידוד והחלמה ומנעה להערכת צה"ל כ-25% מתחלואת הקורונה בזמן שתפקדה.

כמו כן, מחוזות פיקוד העורף סייעו במרחב האזרח במגוון רחב של פעולות, ביניהן סיוע בבתי חולים, שיתוף פעולה עם מאות רשויות, חלוקת מזון עוד.

שר הביטחון גנץ אמר: "מערכת הביטחון הצילה את חייהם של אלפי אנשים בשנה האחרונה במסגרת המאבק בקורונה, ועמדה על כלל יכולותיה לצד משרד הבריאות וכלל משרדי הממשלה. כניסת צה"ל ופיקוד העורף הביאה לשינוי במערכה מול הקורונה- תוך הקמת מרכז החקירות האפידימיולוגיות החדשני בעולם, הכפלה פי 10 של היקפי הבדיקות, ויצירת שיתופי פעולה עם הרשויות המקומיות. הידע שנצבר ישמש את מדינת ישראל והעולם עשורים קדימה בהתמודדות עם פנדמיה ומצבי חירום בעורף. אני מצדיע לאנשי המילואים, חיילי ומפקדי צה"ל ופיקוד העורף, ועובדי מערכת הביטחון שלקחו חלק בעבודה המאומצת".

עד לסגירת מפקדת אלון, בפיקודו של תא״ל רלי מרגלית, ומעברה הסופי למשרד הבריאות ב-1 באוגוסט 2021 הוחלט על מספר פעולות לצמצומה:
– מפקדת אלון תצומצם כבר בתחילת יוני במאות אנשי מילואים ותתאים את עצמה למציאות המתהווה.
– ב-10 ביוני תיסגר יחידת הדיגום והשינוע ותוחלף בידי חברה אזרחית. ב-1 ביולי תיסגר יחידת אלה המפעילה את החוקרים האפידימיולוגיים, ותוחלף בידי חוקרי משרד הבריאות.
– במקביל, האחריות על מלונות הבידוד תועבר למפעילים אזרחיים.
– לאחר סגירתה, תאורגן כיחידת מילואים שיעודה מתן מענה להתפרצות מגיפות. צה״ל ופיקוד העורף ימשיכו לסייע ככל שיידרש בהתמודדות עם נגיף הקורונה.
– המפקדה תרדד את הסד"כ במעל 50 אחוז באופן מיידי, ובאופן מלא ב-1 באוגוסט.
– מפקדת אלון הוקמה לאור סיכום בין שר הביטחון ופרויקטור הקורונה פרופ' רוני גמזו- ותסיים שנת פעילות מלאה בחודש אוגוסט.