מטעמים הלכתיים, ביטחוניים, ומדיניים אסור לעלות אל הר הבית ואפילו לטוס מעליו במטוס או מסוק אסור באיסור חמור. איסור כרת חל על הנכנס למקום כשהוא טמא גוף (במדבר י"ט כ') והרי כולנו בבחינת טמאי מתים. גם הטהור נדרש לכללים מחמירים של התנהלות בהר; חולץ מנעליו, מניח מקלו ואפילו לרקוק אסור וכו'. גם אחרי חורבן בית שני לא בטלה קדושת המקום. השכינה שורה שם עולמית שנא' "והשימותי את מקדשכם" (ויקרא כ"ו ל"א) גם אם שוממין המה, בקדושתן הם עומדים.

הרמב"ם בהלכות בית הבחירה פ"ו קבע שקדושה ראשונה קדשה לשעתה וקדשה לעתיד לבוא. יתירה מכך, כל העולה להר בימים אלה חל עליו דין רודף, הוא מתגרה במיליארד מוסלמים ומסכן את המשך אחיזתנו בארץ.

הרב שלמה גורן שנלחם נגד מסירת ניהולו השוטף של ההר לידי הווקף הירדני וביקש לאפשר לו ולחסידיו לעלות להר אל המקומות שלדעתו מותרים, כתב בספרו על הר הבית "ויהא הדבר ברור שעל אף השוד ההיסטורי של בית קדשי הקדשים של האומה היהודית, על ידי הקמת מסגד כיפת הסלע על המקום, אין לנו כל כוונות לפגוע בו ולא בזכויותיהם של המתפללים המוסלמים על המסגדים שלהם על הר הבית. אין לנו גם כל סמכות הלכתית לבנות את בית המקדש השלישי בזמן הזה, עד יקום נביא אמת בישראל ויקויים בנו "מקדש ה' כוננו ידיך" ויודיע לנו את צורת הבית ותכונתו ומוצאיו ומובאיו וכל צורתו ואת כל חוקותיו וכל תורתו כמבואר ביחזקאל".

בהחלטת ועדת השרים (13.8.67) נאמר "משיעלו בכניסה להר הבית מתפללים יהודים יופנו על ידי כוחות הביטחון לכותל המערבי". הרב שלמה גורן טען שמאז חורבן בית שני ועד לפני שלוש מאות שנה לא פסקה תפילתם של היהודים על הר הבית. רבי אברהם ב"ר חייא הנשיא בן המאה ה- 12 מתאר את בית התפילה והמדרש של היהודים שהיה קיים על הר הבית וכלשונו "מלכי ישמעאל היו נוהגים עמם מנהג טוב והרשו לישראל לבוא אל הר הבית ולבנות בו בית תפילה ומדרש והיו כל הגלויות של ישראל הקרובים אל הבית עולים אליו בחגים ובמועדים ומתפללים בתוכו ומעמידין תפילתם כנגד תמידין ומוספין" וכן הוא בשו"ת הרדב"ז (המאה ה- 16) ח"א סימן תרצ"א.

ללמדך שרק ברצון מלכי הישמעאלים יכולנו להיכנס להר הבית וגם זה רק למקומות מסוימים בהר המותרים על פי ההלכה ובתנאי התנהלות מיוחדים שרק מתי מעט כמו הרב שלמה גורן ותלמידיו יכלו לעמוד בהם. משמע שלרוב עם ישראל אין כל היתר לעלות להר מפאת קדושתו.

הרמב"ן קבע שברישיון האומות מותר לכבוש את הארץ. ואין ספק שהאומות לא תסבולנה כל שינוי בסטטוס קוו הקיים בהר הבית. זאת הסיבה שכל ממשלות ישראל אסרו על היהודים לעלות ולהתפלל או הפגין נוכחות על ההר מטעמים ביטחוניים ומדיניים. הנה, עדים אנחנו כמה צרות באות עלינו בגלל המתעקשים לעלות להר ולהוכיח ריבונות ישראלית עליו.