יוזמה מיוחדת של ישיבת 'בני יששכר' בחדרה – הקמת ישיבות בין הזמנים לתלמידי הישיבה בערים עכו, חיפה ורכסים. בסדרי ישיבת בין הזמנים יעסקו התלמידים בחזרה על מסכת גיטין שנלמדה לאורך החורף בתוספת של לימוד הלכה לקראת חג הפסח. במסגרת הישיבות ימסרו שיעורים ושיחות חיזוק לתועלת התלמידים.

הקמת ישיבות בין הזמנים הינה חלק מהתפיסה של ישיבת 'בני יששכר' שבה התלמידים מרגישים שהישיבה היא ביתם ומשפחתם ורוחה שורה על הבחורים גם בימי בין הזמנים וגם לאחר שהם עוברים לפאר את היכלי הישיבות הגדולות.

בהנהלת הישיבה ציינו בפני הבחורים בימים של סוף הזמן, את החשיבות והמעלה העצומה של הלימוד בימי בין הזמנים, שמלבד זה שכך נשמרת הרציפות הלימוד מקרין על כל הסביבה של הבחור ומושך את ליבם של תלמידי ישיבות אחרים לקבוע שעות סדורות בלימוד התורה בימים אלו. וכן יש לקביעת העיתים גם השפעה על הבית של תלמיד הישיבה, שהוריו רואים בחוש את העלייה שלו בתורה ויראת שמים גם בימים שאינם חלק מסדרי הישיבה.

בפני התלמידים הוקרא נוסח מכתבם של גדולי ישראל שכתבו לתלמידי הישיבות בעניין בין הזמנים: "ומוטלת חובה על כל אחד להעמיד זמנים קבועים ללימוד התורה, ולשמור על קנייניו הרוחניים על ידי עת ללימוד המוסר". ועוד הוסיפו: אשרי כל המכוון דרכיו בבין הזמנים על פיהם לשמור ולעשות ולקיים בכל מילואם. ויזכה לשוב לבית השם בלב טהור ורוח נכון ונפש שוקקה לעלות ולהתעלות בכל קנייני תורה לימודה שקידתה ועמלה".