בשעה 14:15 לערך הגיע מחבל לכניסה הראשית של התחנה המרכזית ברחוב יפו. בעודו עומד בעמדת הבידוק טרם כניסתו לתוך מתחם התחנה, הוריד את מעילו , שלף סכין שהיתה ברשותו ודקר מאבטח בפלג גופו העליון.

מיד לאחר מכן נמלט בריצה לאורך רחוב יפו. מאבטח שהבחין בפיגןע דלק אחריו והפילו ארצה, אזרח שהבחין בכך סייע למאבטח ויחד עם שוטרים שהוזעקו לזירת הפיגוע השתלטו עליו.

המחבל, תושב שטחים כבן 24, ללא היתר כניסה לישראל, נעצר והובא לחקירה ביחידה המרכזית.

המאבטח פונה על ידי מד"א במצב קשה מאוד לשערי צדק.

מפקד מחוז ירושלים ניצב יורם הלוי שניהל את זירת הפיגוע אמר: "מדובר במחבל שוהה בלתי חוקי שככל שידוע לנו תיכנן לבצע את  הפיגוע. ערנות המאבטחים, ותגובתם המהירה של האזרחים והשוטרים הביאו למעצרו של המחבל תוך שניות ובכך מנעו פגיעה נוספת בחפים מפשע.

"ההערכות ופריסת השוטרים נמשכת מזה תקופה ארוכה בירושלים ובדגש לימים האחרונים בהם התמודדנו עם אירועי הפרות סדר אלימים תוך מוכנות לאירועי טרור , והפיגוע של היום הוא דוגמא לכך.

"נמשיך להימצא במקומות המהווים פוטנציאל לפיגוע. כל נסיון של מפגע לבצע פגיעה באזרחים ובכוחות הבטחון יתקל בתגובה קשה, מיידית ונחושה של שוטרים ואזרחים."

חובש בכיר במד"א חננאל אלבו סיפר: "כשהגעתי למקום הייתה מחוץ לתחנה המרכזית המולה גדולה, סמוך לכניסה שכב גבר כבן 30 מעורפל הכרה כשהוא סובל מפצע דקירה בפלג גופו העליון. הענקתי לו טיפול רפואי ראשוני שכלל חבישה ועצירת דימומים והוא פונה במהירות תוך כדי המשך טיפול רפואי מציל חיים לבי"ח שערי צדק כשמצבו קשה. הצוותים הגדולים שלנו שהגיעו למקום מטפלים במקום במספר נפגעי חרדה שהיו עדים לאירוע".

ניסים יזדי חובש ביחידת האופנועים של איחוד הצלה סיפר: "כשהגעתי לזירה הענקתי סיוע רפואי ראשוני לפצוע מדקירה בפלג גופו העליון. תוך כדי הטיפול בזירת האירוע הגיעו למקום כוננים נוספים וצוות ניידת טיפול נמרץ שהעבירו אותו תוך המשך טיפול רפואי לבית החולים. צוותים של יחידת חוס"ן היחידה לסיוע נפשי של איחוד הצלה סייעו במקום לנפגעי חרדה עקב אופי האירוע".

שמו לתפילה אשר בן חוה בתושח"י