בימים האחרונים מדווחים המטיילים על גדות נחל הירקון בגוש דן והתושבים הגרים בסמיכות לנחל, על מטרד זיהומי חדש ומסוכן, הגורם לאלפי דגים לצוף לאחר שמצאו את מותם במימי הנחל. הזיהום נגרם ככל הנראה בעקבות הזרמת מי קולחין של מכוני טיהור השפכים של ערי דרום השרון.
הזיהום הינו מפגע תברואתי של ממש, בפרט בעקבות כך שהנחל ויובליו קרובים מאד לבתי מגורים ואזורים הומי אדם, הזיהום לא רק מזהם את המים ומהווה מכת מוות לבעלי החיים השוהים בו ולצמחייה, בתקופה זו של השנה הוא מהווה גם כר פורה להיווצרות מדגרות של יתושים ושאר מזיקי הקיץ. אם כן, עד שיחזרו מי הנחל לצלילותם וייפסקו ההזרמות הבלתי חוקיות, מונמלץ לשמור מרחק.
ובנימה אופטימית, הנה כמה עובדות שלא ידעתם על נחל הירקון. הנחל מתחלק לשלושה סוגי מים. מלוחים, מתוקים וקולחים. בכל קטע נמצאים בעלי חיים אחרים שהמים באותו המקום מתאימים למחייתם. שינוי סוג המים מתבטא גם באופי הצמחייה ועצמת זרימת המים.
לאורך השנים פעלו על גדות הנחל לפחות חמש טחנות קמח. נהר הירקון ממוקם במקום השלישי בגודל שטח האגן, אחרי נחלי הירדן והבשור.