הוועדה המשותפת לוועדות החוקה חוק ומשפט, הפנים והגנת הסביבה והמדע והטכנולוגיה המשיכה לדון בהכללת אמצעי זיהוי ביומטריים ונתוני זיהוי ביומטריים במסמכי זיהוי ובמאגר מידע לקריאות שנייה ושלישית. הדיון התמקד באגירה זמנית של טביעות אצבע שלא במאגר הביומטרי, גם של תושבים שלא הביעו הסכמתם לכך לצורך ביצוע בדיקות של מערכת ההשוואה הממוחשבת של רשות ההגירה והאוכלוסין וכן בשימושים המשטרתיים במאגר.
ממלא מקום יו"ר הוועדה חה"כ אורי מקלב אומר כי: "חשוב לוודא שהמאגר הזמני לצורך הבדיקות לא יהיה קשור למאגר הביומטרי ולבחון איך נשמר המידע. מי רשאי להיכנס למאגר". הוא ביקש לצמצם את הרשאים ולתת להם אישור מיוחד לכניסה. "תחליטו אם אתם רוצים שהצו יגיע לאישור הכנסת לא נגביל בחוק מספרים ותקופות להחזקת הנתונים. אם לא רוצים שיגיע לכנסת- נגביל בחוק".
חה"כ יואב קיש גם מתנגד כשלדבריו: "לא ייתכן שתעשו שימוש כלשהו בפרטים של מי שלא ביקש להיכלל. אעדיף לשלם יותר ולא לכלול את טביעות אצבעותיי במאגר. לכן, אני דורש הסרה מהחוק של הכללת הפרטים של מי שסירב גם לא לצורך בדיקת מערכת ההשוואה. הכוונה היא שאחרי חמש שנים יימחק מאגר טביעות האצבע כולו. לא הוראת שעה ולא שום דבר אחר". ומנגד, יוגב שמני מהרשות הביומטרית אומר: "הנחיות אבטחת המידע של רא"מ חלות על המאגר. זה מאגר שמנהל את כל העוברים בגבול. מערכת ביקורת הגבולות מסווגת והמאגר יאובטח בהתאם".
חלק נוסף של הדיון עסק במחלוקת סביב הוראת השעה שתחול על המאגר הביומטרי לטביעות אצבע: כאשר ממלא מקום היו"ר חה"כ מקלב: להבנתנו סיכמנו דברים מדויקים ואנחנו מחכים לנוסח שישקף את ההסכמות. הנוסח שעל השולחן לא משקף. ככל שאתם לא מגיעים להסכמות זה מעלה אצלנו חשש". היועצת המשפטית לוועדה עו"ד נירה לאמעי רכלבסקי טענה : "אין כרגע סעיף המאפשר בתקופת הקבע להתחרט עבור מי שנכלל במאגר טביעות האצבע. ביחס למשתתפי הפיילוט השר יקבע הוראות שיאפשרו להתחרט ולמחוק. במהלך החמש שנים המוצעות כהוראת שעה גם כן אפשר להתחרט אבל בהוראות הקבע אין אפשרות כזו ולא ברור שתהיה מחיקה של טביעות שניתנו בהוראת השעה. זו נקודה קריטית. בנוסף, מהנוסח כרגע עולה שגם כשהמדינה תעבור למאגר תמונות הפנים, יישארו במאגר טביעות אצבע של מי שנתן אותן בתקופת הפיילוט ולא ביקש למחוק".
ביחס לשימושים המשטרתיים במאגר אמרה היועצת המשפטית לוועדה עו"ד לאמעי רכלבסקי כי "סעיף 16 מאפשר לכל שוטר לקבל תוצאת זיהוי מהמאגר וזה מהווה הסדרה של תחום חדש לזיהוי בלי תעודה. בדיונים על הצעת החוק המקורית לא נעשה דיון מספק על הנושא. יש השלכות על הזמן ששוטר יכול לעכב אדם עד לקבלת התוצאה. בנוסף, צריך למנוע שימושים אחרים מול רשויות אחרות מעבר למה שאושר בצו בימ"ש".
נציג המשטרה תת ניצב בהט התיחס לסוגיה ואמר: "למה לומר חשוד ולא להגדיר אדם כעד? אך טבעי הוא שבאירוע חריג כמו שוד בנק, אני רואה צילום של אדם במצלמות האבטחה, אקרא לו כעד. השימושים מוגבלים בצו בימ"ש לעבירות מסוימות וחקירות מסוימות".
פרופ' קרין נהון: "שר הפנים הודה בפני שמי שלוחץ על מאגר טביעות האצבע הוא המשטרה". גם היועצת המשפטית עו"ד לאמעי רכלבסקי הצטרפה לדבריה: "הלחץ על שימושים משטרתיים היה רב בדיוני החוק המקורי".
לסיכום ממלא מקום היו"ר חה"כ מקלב אמר: "אציע שנפצל את נושא השימושים האחרים לדיון נפרד. לא נראה לי בסדר שיש שלוש טביעות אצבע בשוד בנק ושתיים מהן לא קשורות וייעשה בזה שימוש. אני לא חושב שאנשים צריכים להיהפך לחשודים לתמיד בגלל שהיו בזירה כלשהי. מרגע שיש מאגר ברשות הביומטרית, זה הופך למוצא קל לשימושים בהפגנות ובמקומות נוספים. בנוסף, השמירה על המאגר טובה ואם יש חשש לזליגה של חומר זה בעקבות שימושים של גופים אחרים. כל פתיחה של המאגר לבקשות שונות היא שתציף בעיות. היום מבקשים העברת מידע בין גופים שונים לפשעים בדרגות נמוכות יותר ויותר. עם האוכל בא התיאבון".