ישיבת 'הנגב' בנתיבות מיסודו של ראש הישיבה הגאון רבי יששכר מאיר זצ"ל, ממשיכה לשנות את פניה. לאחר פטירתו של ראש הישיבה, מסגרות רבות עברו בין כותליה.
כזכור, ישיבת 'שכר שכיר' הוקמה במקום על שמו של ספרו של רבי יששכר מאיר זצ"ל לאחר שהיא התמזגה עם ישיבת 'בית מדרש עליון' בראשותו רבי ירחמיאל אונגרישר, חתנו של ראש הישיבה בעבר הגאון רבי ראובן יוסף גרשנוביץ זצ"ל.
אולם, קשיים כלכליים וטכניים גרמו לכך ששוב הישיבה נאלצת לשנות את פניה. סניף של ישיבת 'באר התלמוד' – 'יקירי ירושלים' השוכנת ברחוב מלכי ישראל בירושלים יפתח במתחם ישיבת הנגב בנתיבות.
גורמים בישיבה אמרו כי "פתיחת הסניף החדש הוא בעקבות הלחץ הגדול בהתרבות תלמידי הישיבה אשר הגיע ל430 בחורים בלע"ה. בעונת הרישום הנוכחית הגיעו כ900 טפסים ומתוכם קיבלו רק את 80 הבחורים המובחרים מטובי עולם הישיבות".
עוד מסרו כי "אם סיום זמן קיץ הודיעה הנהלת הישיבה שעקב העומס על מבנה הישיבה ייפתח סניף נוסף לישיבה וכארבעים בחורים מטובי הישיבה יעברו לישיבה בנתיבות, בהנהלת הישיבה מדגישים שבשלב זה הבחורים שילכו ללמוד בנתיבות הינם רק מהישיבה בירושלים וזה בכדי לבסס את הישיבה כמתכונתה".
[1]
על מנת לבסס את הסניף בנתיבות הוחלט כי השיעור כללי המפורסם של הראש ישיבה הגאון הרב חנוך כהן יימסר גם בישיבה בנתיבות ביום שלישי בערב כמתכונתו בירושלים. הגאון הר' ניסים שמעה המשמש כר"מ בישיבה בירושלים לשמש כר"מ בישיבה בנתיבות, כמשגיח בישיבה ישמש הרב מנחם ניימן המשמש כראש כולל מפורסם בירושלים.