שר הדתות דוד אזולאי הרבה להצהיר כי במידה והוא לא יקבל את אישור מועצת חכמי התורה של ש"ס, הרי שהוא לא מתכוון לחתום על תקנות הכותל הרפורמי, אלא שבמשרד המשפטים מבהירים כי אזולאי מחוייב לפעול על פי החלטת הממשלה ולחתום על תקנות הכותל הרפורמי.

עורך הדין רנאטו יאראק הגיש חוו"ד, בה טען לשני פגמים עיקריים שנפלו, בהחלטת הממשלה בעניין אימוץ המלצות הצוות המייעץ לסוגיית הסדרי התפילה בכותל המערבי.

עניינו של הפגם הנטען האחד בכך שהממשלה חרגה, לכאורה, מסמכותה בכך ש"הכתיבה" לבעל הסמכות – הוא השר לשירותי דת אזולאי – כיצד להפעיל את סמכותו; ואילו עניינו של הפגם הנטען השני, בכך שלא קוימה, לכאורה, חובת ההתייעצות עם נציגיהם של "בני הדתות הנוגעות בדבר" – בענייננו: הרבנים הראשיים – בהתאם לאמור בחוק השמירה על המקומות הקדושים,

בשל כך, טען כי פגמים אלו מביאים לכך שהחלטת הממשלה חסרת תוקף ובטלה ולא ניתן, אפוא, להוסיף ולפעול לפיה.

בתגובה, השיבו במשרד המשפטים כי "אשר לעובדה כי הממשלה הנחתה את השר לשירותי דת לתקן את התקנות, נזכיר, כי לצד העקרונות המקובלים במשפט המינהלי באשר לעצמאות שיקול-הדעת של בעל הסמכות וכנגד כבילת שיקול-הדעת המינהלי, מקובלת גם – מכוח עיקרון האחריות המשותפת של הממשלה – ההכרה בסמכותה הרחבה של הממשלה להנחות את חבריה כיצד להפעיל סמכויות המסורות להם מכוח החוק. אין בכך כדי לומר כי ניטלת מן השר זכותו וחובתו להפעיל שיקול-דעת עצמאי בקבלת החלטתו, ואולם בעשותו כן, ובכלל זאת מקום בו הנחתה אותו הממשלה לפעול באופן מסוים בעניין מסוים, מתבקש כי הדבר יעשה בכפוף למדיניות הממשלתית בנושא".

"העובדה שחוק מקנה סמכות לשר מסוים אומרת כי גם שיקול הדעת הכרוך בהפעלת הסמכות מוקנה לאותו שר. אולם אין השר מפעיל את הסמכות אלא כחלק מן הרשות המבצעת, ומטעם הרשות המבצעת, ולפיכך הסמכות ושיקול הדעת צריכים להיות מופעלים על ידו בכפיפות למדיניות ולהחלטות של הממשלה", וכן: "הממשלה רשאית לקבל החלטה גם בעניין שנמסר על-ידי חוק לסמכותו של שר מסוים, ואותו שר חייב לפעול באותו עניין על-פי החלטת הממשלה".

שנית. על הטענה בדבר הפרתה, לכאורה, של חובת ההיוועצות, השיבו במשרד המשפטים כי "ככלל, חובת ההיוועצות חלה עובר להפעלת הסמכות המינהלית העומדת על הפרק – ובענייננו: לפני התקנת התקנות. בניגוד לטענתך, לא חלה על הממשלה כל חובה שבדין לקיים היוועצות עם הרבנים הראשיים עובר לקבלת החלטתה. החובה הסטטוטורית כאמור חלה על השר לשירותי דת, עובר להתקנת התקנות – ותקנות אלו טרם הותקנו.

במשרד המשפטים הוסיפו כי "בדרך כלל, מקום שהחוק אינו מטיל חובת התייעצות, ההתיעצות היא רצונית, במובן זה שאם הרשות נמנעה מהתייעצות, אין בכך משום פגם בהליך המינהלי".

כי בניגוד לתגובת משרד המשפטים,  ד"ר עו"ד שמואל ברקוביץ, אשר התבקש בעבר למסור חוות דעת משפטיות בנושאים שונים לממשלה ולגופים נוספים, שיגר את חוות דעתו בנוגע למתווה הכותל הרפורמי, בה הוא קובע כי החלטת הממשלה בנוגע למתווה אינה חוקית, וכי הסמכות היא בידי שר הדתות דוד אזולאי.